Σκύλοι ρακούν, αρουραίοι μπαμπού: αυτά είναι μερικά μόνο από τα ζώα των οποίων το DNA βρέθηκε σε επιχρίσματα που ελήφθησαν από την αγορά χονδρικής πώλησης θαλασσινών Huanan στη Γουχάν της Κίνας, η οποία έχει συνδεθεί με την προέλευση της πανδημίας COVID-19. Τα επιχρίσματα βρέθηκαν επίσης θετικά για SARS-CoV-2, που προκαλεί τη νόσο. Η ανάλυση – που δημοσιεύτηκε στις 20 Μαρτίου στο ερευνητικό αποθετήριο Zenodo 1 – παρέχει στοιχεία που υποστηρίζουν την υπόθεση ότι ο SARS-CoV-2 μεταδόθηκε από τα ζώα στους ανθρώπους στην αγορά, λένε ορισμένοι ερευνητές.

«Φυσικά, αυτό δεν είναι άμεση απόδειξη», λέει ο Leo Poon, ιολόγος στο Πανεπιστήμιο του Χονγκ Κονγκ, «αλλά αυτό είναι το καλύτερο που μπορούμε να πάρουμε τώρα, επειδή όλα τα ζώα έχουν εξαλειφθεί από την αγορά».

Στις 16 Μαρτίου, το The Atlantic ανέφερε για πρώτη φορά την ανάλυση. Η ανάρτηση Zenodo, η οποία δεν έχει αξιολογηθεί από ομοτίμους, είναι η πρώτη φορά που το πλήρες έργο δημοσιεύεται – κάτι που θα μπορούσε να ανοίξει το δρόμο για μελέτες παρακολούθησης, όπως μια έρευνα για το από πού προέρχονται τα ζώα στην αγορά.

Τα επιχρίσματα συλλέχθηκαν στις αρχές του 2020, μετά το κλείσιμο της αγοράς και τον καθαρισμό των ζωικών προϊόντων.

Οι ερευνητές ενδιαφέρθηκαν συγκεκριμένα να αναζητήσουν στοιχεία για θηλαστικά, τα οποία θα μπορούσαν να ήταν ενδιάμεσοι ξενιστές του ιού. Αναγνώρισαν σχεδόν πλήρεις αλληλουχίες μιτοχονδριακού DNA – μήκους περίπου 16.000 ζεύγη βάσεων – για πέντε είδη άγριας ζωής, συμπεριλαμβανομένου του ρακούν (Nyctereutes procyonoides), του μαλαισιανού σκαντζόχοιρου (Hystrix brachyura), του σκαντζόχοιρου Amur (Erinaceus maskedgutsis) προνύμφη) και αρουραίος από μπαμπού (Rhizomys pruinosus). «Είναι αξιοσημείωτο να έχεις μια λίστα», λέει ο συγγραφέας της μελέτης Alex Crits-Christoph, ο οποίος είναι υπολογιστικός βιολόγος σε έναν μη κερδοσκοπικό οργανισμό και εδρεύει στη Βαλτιμόρη του Μέριλαντ.

Ιδιαίτερα αξιοσημείωτο ήταν το μιτοχονδριακό DNA του ρακούν που βρέθηκε σε έξι δείγματα από δύο πάγκους. Έρευνα έχει δείξει ότι τα ρακούν είναι ευαίσθητα στον SARS-CoV-2 και μπορούν να μεταδώσουν τη μόλυνση σε άλλα ρακούν χωρίς να παρουσιάζουν σαφή σημάδια ασθένειας. Τα ρακούν έχουν επίσης βρεθεί με λοιμώξεις από ιούς που είναι σχεδόν πανομοιότυποι με αυτόν που προκαλεί σοβαρό οξύ αναπνευστικό σύνδρομο (SARS), το οποίο σχετίζεται με το SARS-CoV-2 και προκάλεσε ξέσπασμα σε ανθρώπους το 2003. Και η εργασία σε κύτταρα φοίνικα-σιβέτ δείχνει ότι τα πλάσματα θα μπορούσαν ενδεχομένως να μολυνθούν από τον SARS-CoV-2.

Μελέτες υποδεικνύουν ότι ένας πρόγονος του SARS-CoV-2 πιθανότατα προέρχεται από νυχτερίδες, αλλά το πώς πέρασε από τις νυχτερίδες στους ανθρώπους δεν είναι ξεκάθαρο. Οι επιστήμονες υποπτεύονται ότι εμπλέκεται ένας ενδιάμεσος ξενιστής, αλλά δεν έχουν βρει ισχυρά στοιχεία, τα οποία οδήγησαν σε εικασίες ότι ο ιός θα μπορούσε αντ ‘αυτού να είχε διαρρεύσει – σκόπιμα ή τυχαία – από ένα εργαστήριο στη Γουχάν.

Η νέα μελέτη δεν επιβεβαιώνει εάν τα ίδια τα ζώα είχαν μολυνθεί από τον ιό. Αλλά η διαπίστωση ότι τα ζώα ήταν παρόντα στην αγορά υποστηρίζει την υπόθεση ότι η πανδημία είχε ζωική προέλευση, λένε ορισμένοι ερευνητές.

Οι πληροφορίες θα μπορούσαν να χρησιμοποιηθούν για την παρακολούθηση της προέλευσης των ζώων στην αγορά, γεγονός που θα μπορούσε να βοηθήσει τις προσπάθειες για την κατανόηση της έναρξης της πανδημίας.

Άλλοι είναι πιο προσεκτικοί όσον αφορά την εξαγωγή συμπερασμάτων σχετικά με την προέλευση της πανδημίας από την ανάλυση. Η εργασία επιβεβαιώνει ποια είδη ζώων υπήρχαν στην αγορά, αλλά επειδή περιλαμβάνει μόνο δείγματα που είχαν βγει θετικά, «δεν υπάρχουν δεδομένα σε αυτήν την εργασία που να συσχετίζουν τον SARS-CoV-2 με την παρουσία οποιουδήποτε από αυτά τα ζώα», λέει ο Justin Kinney. ένας ποσοτικός βιολόγος στο Cold Spring Harbor Laboratory στη Νέα Υόρκη.

«Αυτά τα δεδομένα δεν δίνουν μια οριστική απάντηση στο ερώτημα πώς ξεκίνησε η πανδημία», δήλωσε ο Τέντρος Αντανόμ Γκεμπρεγέσους, γενικός διευθυντής του Παγκόσμιου Οργανισμού Υγείας (ΠΟΥ), σε μια εκδήλωση τύπου στις 17 Μαρτίου, αφού ενημερώθηκε για πριν από τη δημοσίευση της έκθεσης. «Όμως κάθε στοιχείο δεδομένων είναι σημαντικό για να μας φέρει πιο κοντά σε αυτήν την απάντηση», είπε.

Εμφάνιση και εξαφάνιση

Τα επιχρίσματα αναφέρθηκαν αρχικά σε ένα προεκτυπωμένο έγγραφο από τον George Gao 2 , πρώην διευθυντή του Κινεζικού Κέντρου Ελέγχου Νοσημάτων (China CDC) και τους συναδέλφους του, που δημοσιεύτηκε στην Πλατεία Έρευνας τον Φεβρουάριο του 2022. Οι ερευνητές ζήτησαν να δημοσιοποιηθούν αυτά τα δεδομένα στις πολλές φορές, χωρίς επιτυχία.

Αλλά η Florence Débarre, μια εξελικτική βιολόγος στο Εθνικό Κέντρο Επιστημονικής Έρευνας της Γαλλίας, η οποία είναι επίσης συγγραφέας στην τελευταία έκθεση, ανακάλυψε τα δεδομένα σχεδόν τυχαία στο δημόσιο αποθετήριο δεδομένων GISAID στις 4 Μαρτίου. «Βασικά, [είναι] αυτοί που περιμέναμε εδώ και ένα χρόνο», λέει.

Συνολικά, η Débarre και οι συνεργάτες της κατέβασαν περίπου μισό terabyte γονιδιωματικών δεδομένων από περίπου 50 δείγματα. Τα δεδομένα περιελάμβαναν σχεδόν όλα τα επιχρίσματα που ελήφθησαν από αποχετεύσεις, πάγκους της αγοράς και το έδαφος μεταξύ Ιανουαρίου και Φεβρουαρίου 2020 που είχαν βρεθεί θετικά στον SARS-CoV-2. «Μιλάμε για εκατομμύρια και εκατομμύρια αναγνώσεις αλληλουχίας», λέει ο Crits-Christoph.

Αλλά αμέσως μετά τη λήψη των δεδομένων από τους ερευνητές, εξαφανίστηκαν από το κοινό στο GISAID.

Ένας εκπρόσωπος του GISAID είπε ότι δεν διαγράφει αρχεία, αλλά ότι οι συνεισφέροντες συχνά ενημερώνουν τα αρχεία τους και, κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, τα αρχεία «γίνονται προσωρινά αόρατα». Τα δεδομένα της αγοράς «ενημερώνονται αυτήν τη στιγμή με νεότερα και πρόσθετα δεδομένα ως μέρος ενός χειρογράφου που βρίσκεται υπό εξέταση». (Η εφημερίδα του Γκάο επισημαίνεται ως «υπό εξέταση» στο Nature Portfolio Η ομάδα ειδήσεων της Nature είναι ανεξάρτητη από τον εκδότη Springer Nature, ο οποίος εκδίδει το Nature Portfolio.)

Η Débarre και οι συνάδελφοί της λένε ότι προσέγγισαν τους συγγραφείς της προεκτύπωσης για να συνεργαστούν στην ανάλυση, αλλά το China CDC αρνήθηκε. Στις 14 Μαρτίου, οι συνάδελφοί της, καθώς και μέλη του CDC της Κίνας, παρουσίασαν την εργασία τους στον ΠΟΥ σε μια συνάντηση της Επιστημονικής Συμβουλευτικής Ομάδας για την Προέλευση των Νέων Παθογόνων, ενός φορέα που έχει επιφορτιστεί με τη διερεύνηση εστιών, συμπεριλαμβανομένης της προέλευσης του SARS- CoV-2.

Στη συνέντευξη Τύπου του ΠΟΥ στις 17 Μαρτίου, ο Tedros κάλεσε τους ερευνητές του CDC της Κίνας να είναι διαφανείς στην ανταλλαγή δεδομένων. «Αυτά τα δεδομένα θα μπορούσαν και θα έπρεπε να είχαν κοινοποιηθεί πριν από τρία χρόνια», είπε.

Ο Débarre αναγνωρίζει ότι χρειάστηκε πολύς χρόνος για να μοιραστεί αυτά τα δεδομένα, αλλά αναγνωρίζει το έργο περιβαλλοντικής δειγματοληψίας και αλληλουχίας που διεξήχθη από το CDC της Κίνας. «Έκαναν αυτό που έπρεπε να γίνει», λέει. «Δεν θα είχαμε αυτά τα δεδομένα, αν δεν ήταν η δουλειά τους».

Προηγούμενες μελέτες βρήκαν ότι κινέζικοι αρουραίοι (Rhizomys sinensis) και ρακούν πωλούνταν στην αγορά Huanan μεταξύ Μαΐου 2017 και Νοεμβρίου 2019 3 και ότι σε αρκετούς πάγκους πιθανότατα πωλούνταν ζωντανά ή πρόσφατα σκοτωμένα θηλαστικά ή άλλα προϊόντα κρέατος 4. Τα δεδομένα επιβεβαιώνουν ότι «ακριβώς αυτό που πιστεύαμε ότι υπήρχε στην αγορά, υπήρχε στην αγορά», λέει ο Joel Wertheim, μοριακός επιδημιολόγος στο Πανεπιστήμιο της Καλιφόρνια, στο Σαν Ντιέγκο, και ένας άλλος συν-συγγραφέας της ανάλυσης.

Η περιοχή όπου συγκεντρώθηκαν τα περισσότερα από τα θετικά στον SARS-CoV-2 δείγματα ήταν επίσης όπου βρέθηκαν τα περισσότερα δείγματα που περιείχαν DNA άγριων ζώων, κάτι που λέει ο Poon «συμφωνεί με την υπόθεση ότι ίσως ο ιός προήλθε από ζώα». Τα θετικά επιχρίσματα από το ανατολικό τμήμα της αγοράς περιείχαν κυρίως ανθρώπινο DNA – υποδηλώνοντας ότι υπήρχε κάποια μετάδοση από άνθρωπο σε άνθρωπο στην αγορά στις αρχές του 2020, λέει ο Poon.

Σε ένα δείγμα από ένα καρότσι που χρησιμοποιήθηκε για τη μετακίνηση κλουβιών, οι ερευνητές βρήκαν RNA και DNA που ταίριαζαν με το γονιδίωμα του ρακούν και πολύ λίγο με το ανθρώπινο γονιδίωμα. «Η πιο λογική υπόθεση είναι ότι τα ρακούν μολύνθηκαν από τον SARS-CoV-2 και απέκοψαν τον ιό», λέει ο Poon.

Αλλά είναι πιθανό η τοποθεσία να είχε μολυνθεί με RNA SARS-CoV-2 από άλλες πηγές. «Δεν υπάρχουν στοιχεία ότι ο ιός προήλθε από μολυσμένο ρακούν. θα μπορούσε εξίσου εύκολα να προέρχεται από ένα μολυσμένο άτομο», λέει ο Kinney.

Περισσότερα δεδομένα

Πολλά περισσότερα στοιχεία θα μπορούσαν να προέλθουν ακόμη από τα δεδομένα εάν δημοσιοποιούνταν ξανά, λέει η Crits-Christoph. Για παράδειγμα, εξετάζοντας την αναλογία RNA προς DNA για διαφορετικά ζωικά είδη, οι ερευνητές θα μπορούσαν να προσδιορίσουν πόσο πρόσφατα αυτά τα ζώα ήταν παρόντα στην αγορά, επειδή το DNA συνήθως παραμένει στο περιβάλλον περισσότερο από το RNA. Αλλά χρειάζονται περισσότερες λεπτομέρειες σχετικά με τον τρόπο συλλογής, επεξεργασίας και αλληλουχίας των δειγμάτων, λέει ο Wertheim.

Μια προσεκτική μελέτη των δεδομένων RNA θα μπορούσε ενδεχομένως να προσδιορίσει εάν τα ζώα στην αγορά ήταν άρρωστα, προσθέτει η Crits-Christoph. Φαίνεται ότι τα πλάσματα ήταν σε «κατάσταση ασθένειας ή υγιή;» ρωτάει. «Υπάρχουν κάθε λογής υπέροχες, περίπλοκες ερωτήσεις στα δεδομένα».

Υπάρχουν περισσότερα δεδομένα που δεν έχουν ακόμη κοινοποιηθεί — συμπεριλαμβανομένων περιβαλλοντικών επιχρισμάτων που ήταν αρνητικά για SARS-CoV-2 και λεπτομερών δεδομένων ιών. Αυτά τα δεδομένα είναι σημαντικά για ανάλυση, για να έχουμε μια καλύτερη εικόνα του τι συνέβαινε στην αγορά, λέει ο Wertheim.