Τις απαρχές του Μακεδονικού Ζητήματος συναντά κανείς στον εκκλησιαστικό αγώνα των Βουλγάρων κατά του Οικουμενικού Πατριαρχείου κατά το τρίτο τέταρτο του 19ου αιώνα. Στόχος των Βούλγαρων διανοούμενων και εκκλησιαστικών ταγών ήταν η ίδρυση μιας αυτοκέφαλης βουλγαρικής Εκκλησίας, τα όρια της οποίας θα περιλάμβαναν τόσο τις περιοχές βορείως του Αίμου όσο και τη Μακεδονία και τη Θράκη.
Τα όρια αυτής της Εκκλησίας επρόκειτο, κατά τη βουλγαρική ερμηνεία, να είναι και τα όρια του μελλοντικού βουλγαρικού κράτους. Κατά παράβαση των εκκλησιαστικών κανόνων, στις 28 Φεβρουαρίου/12 Μαρτίου 1870 με φιρμάνι που εξέδωσε ο Οθωμανός σουλτάνος, Αβδούλ Αζίζ, ιδρύθηκε η Βουλγαρική Εξαρχία. Δύο χρόνια αργότερα, το 1872, το Οικουμενικό Πατριαρχείο κήρυξε τη Βουλγαρική Εκκλησία ως σχισματική.
Η Εξαρχία αρχικά περιλάμβανε 15 επαρχίες, κυρίως της σημερινής βορειοανατολικής Βουλγαρίας. Ιδιαίτερη σημασία για την ελληνική πλευρά είχε ο όρος (άρθρο 10) ότι μπορούσαν να προσχωρήσουν στην Εξαρχία και άλλες επαρχίες, εφόσον το επιθυμούσαν τα 2/3 των κατοίκων της. Το γεγονός αυτό αποτέλεσε μείζον σημείο τριβής ανάμεσα σε Έλληνες και Βουλγάρους τα επόμενα χρόνια, καθότι άφηνε στους τελευταίους πολλά περιθώρια δράσης στον μακεδονικό χώρο.
Η Συνθήκη του Αγίου Στεφάνου (Μάρτιος 1878) ανέτρεψε την ενδοβαλκανική ισορροπία δυνάμεων. Προέβλεπε τη δημιουργία ενός εκτενούς βουλγαρικού κράτους, τα σύνορα του οποίου εκτείνονταν από τον Δούναβη έως το Αιγαίο περιλαμβάνοντας όλη σχεδόν τη Μακεδονία (όπως χρησιμοποιούσε τον όρο η ευρωπαϊκή διπλωματία της εποχής, δηλαδή τα Βιλαέτια της Θεσσαλονίκης, του Μοναστηρίου και του Κοσόβου), με εξαίρεση τη Θεσσαλονίκη, τη Χαλκιδική, την Πιερία, τα Γρεβενά και την Κοζάνη. Η αναθεώρηση της Συνθήκης του Αγίου Στεφάνου στο Βερολίνο υπήρξε τραυματική για τους Βούλγαρους. Έκτοτε, η εξωτερική πολιτική της Βουλγαρικής Ηγεμονίας επικεντρώθηκε στην αποκατάσταση της «ιστορικής αδικίας» που έλαβε χώρα στη γερμανική πρωτεύουσα.
Η βουλγαρική δραστηριότητα στον μακεδονικό χώρο, η οποία πραγματοποιείτο είτε μέσω της εκπαίδευσης, είτε μέσω της Εξαρχίας, είτε διά των όπλων, κορυφώθηκε προς τη δύση του 19ου και το πέρασμα προς τον 20ό αιώνα. Σκοπός της ήταν η προετοιμασία του εδάφους για την ένωση της Μακεδονίας με τη Βουλγαρία. Το 1893 ιδρύθηκε στη Θεσσαλονίκη από Βουλγαρομακεδόνες διανοούμενους η Μακεδονο-Θρακική Επαναστατική Οργάνωση, μετέπειτα ονομασθείσα Εσωτερική Μακεδονική Επαναστατική Οργάνωση (VMRO), και δύο χρόνια αργότερα, το 1895 ιδρύθηκε στη Σόφια το Ανώτατο Μακεδονικό Κομιτάτο. Η αποστολή ένοπλων σωμάτων στη Μακεδονία, η καταδίωξη του πατριαρχικού κλήρου και των Ελλήνων δασκάλων, η άσκηση βίας έναντι των πατριαρχικών προκειμένου να προσχωρήσουν στην Εξαρχία και οι συμπλοκές με τον οθωμανικό στρατό αποτελούσαν ορισμένες από τις δραστηριότητες της οργάνωσης της ΕΜΕΟ.
Τον Ιανουάριο του 1903, η ΕΜΕΟ αποφάσισε σε έκτακτο συνέδριό της την εκδήλωση γενικευμένης εξέγερσης στη Μακεδονία. Στο συνέδριο παρευρέθηκαν μονάχα 17 εκπρόσωποι, ενώ απουσίαζαν βασικά στελέχη της οργάνωσης, όπως ο Γιάνε Σαντάνσκι, ο Ντάμε Γκρούεφ και ο Γκότσε Ντέλτσεφ.
Να σημειώσουμε ότι στις 20 Ιουλίου 1903 (με το παλιό ημερολόγιο), ημέρα γιορτής του προφήτη Ηλία, ξέσπασε στη (τότε γεωγραφική) Μακεδονία η επανάσταση που έμεινε γνωστή στην ιστορία ως Ίλιντεν (Илинден). Η εξέγερση του Ίλιντεν ξέσπασε στη Δυτική Μακεδονία στις 20 Ιουλίου/2 Αυγούστου 1903, την ημέρα της γιορτής του Προφήτη Ηλία. Στην ένοπλη εξέγερση δεν συμμετείχαν μόνον όσοι αισθάνονταν Βούλγαροι αλλά και πολλοί χωρικοί από διάφορα μέρη της Μακεδονίας, πολλοί εκ των οποίων ήταν Έλληνες πατριαρχικοί.
Πολύ γρήγορα η εξέγερση κατεστάλη από τον οθωμανικό στρατό. Κατά τη διάρκεια της εξέγερσης πολλοί δολοφονήθηκαν και δεκάδες χωριά καταστράφηκαν και λεηλατήθηκαν, ανάμεσά τους προπύργια του ελληνισμού, όπως η Κλεισούρα και το Κρούσοβο. Πλήγμα για τον ελληνισμό ήταν και η προσχώρηση πολλών πατριαρχικών χωριών στην Εξαρχία μέσα στη δίνη των ταραχών.
Μετά την κατάπνιξη της εξέγερσης, η Ρωσία και η Αυστρο-Ουγγαρία, τον Οκτώβριο του 1903, οι δύο άμεσα ενδιαφερόμενες για τις βαλκανικές υποθέσεις Μεγάλες Δυνάμεις, εξέδωσαν το πρόγραμμα μεταρρυθμίσεων της Μυρστέγης. Μετά την εξέγερση του Ίλιντεν κατέστη εμφανής στην Αθήνα η ανάγκη ανάληψης ένοπλης δράσης στη Μακεδονία για την οριοθέτηση του ελληνισμού από τους Βούλγαρους. Το 1904 άρχισε ο ένοπλος Μακεδονικός Αγώνας.
