Στεγάζεται στο παλαιό Δημοτικό Σχολείο της Χώρας.
Εγκαινιάστηκε από την Υπουργό Πολιτισμού και Αθλητισμού Λίνα Μενδώνη το Αρχαιολογικό Μουσείο Κύθνου, ένα όραμα για τους κατοίκους του νησιού που περίμεναν τριάντα ολόκληρα χρόνια για την υλοποίησή του. Το Μουσείο στεγάζεται στο παλαιό, μονοτάξιο, Δημοτικό Σχολείο της Χώρας, σε κτήρια που κατασκευάστηκαν σύμφωνα με το πρώτο κρατικό πρόγραμμα κατασκευής σχολείων (Βασιλικό Διάταγμα του 1894), σε σχέδια του νομομηχανικού Δημήτρη Καλλία, τα οποία παραχωρήθηκαν από τον Δήμο Κύθνου στο ΥΠΠΟΑ.
Όπως δήλωσε η Λίνα Μενδώνη: «Το 1994, μαζί με τον Αλέξανδρο Μαζαράκη-Αινιάν, οργανώσαμε ένα συνέδριο με θέμα την Κέα και την Κύθνο. Στο κείμενο των συμπερασμάτων, όλοι οι σύνεδροι κατέληγαν σε αυτό που ήταν η επιθυμία των νησιωτών: Να δημιουργηθεί ένα αρχαιολογικό μουσείο στο νησί τους. Τριάντα χρόνια μετά, το όνειρό αυτό γίνεται πραγματικότητα χάρη στη βούληση του Υπουργείου Πολιτισμού και Αθλητισμού, στην εργατικότητα των συναδέλφων μου στην Εφορεία Αρχαιοτήτων Κυκλάδων, στην Αρχαιολογική Υπηρεσία, στην Περιφέρεια Νοτίου Αιγαίου και στον Περιφερειάρχη Γιώργο Χατζημάρκο, ο οποίος το 2016 ενστερνίστηκε την επιθυμία των κατοίκων της Κύθνου και ξεκίνησε τη διαδικασία για την ένταξή του στο ΕΣΠΑ 2014-2021».
«Από τα εκθέματα του Αρχαιολογικού Μουσείου του νησιού, διαπιστώνεται η πολύ σημαντική, η κομβική, σε κάποιες ιστορικές περιόδους, σχέση της Κύθνου με την ευρύτερη ιστορία του αρχιπελάγους, αλλά και με το υψηλό επίπεδο του πολιτισμού, το οποίο παράγεται σε τούτο το νησί, όπως και σε όλες τις Κυκλάδες, στη μεγάλη ιστορική διαχρονία» πρόσθεσε η Υπουργός.
Το αρχαιολογικό υλικό της έκθεσης προέρχεται από τις έως τώρα ανασκαφές σε σημαντικές θέσεις της Κύθνου, όπως στην αρχαία πόλη και στον πρώιμο οικισμό του Μαρουλά, οι οποίες πραγματοποιούνται από τη δεκαετία του ’90 από τον Αλέξανδρο Μαζαράκη-Αινιάν. Πιο συγκεκριμένα, τα εκθέματα προέρχονται από τη συστηματική επιφανειακή έρευνα και τις ανασκαφές στην αρχαία πόλη (Βρυόκαστρο), από περισυλλογές και σωστικού χαρακτήρα επεμβάσεις, στην ύπαιθρο (αγροικία στα Μαϊστράλια, εξωαστικό ιερό στην Αγία Μαρίνα), από περισυλλογές διάσπαρτων ευρημάτων – κυρίως αρχιτεκτονικών μελών όλων των περιόδων από διάφορες θέσεις του νησιού, και από την ανασκαφή στη μεσολιθική εγκατάσταση του Μαρουλά.
Στα εγκαίνια του Αρχαιολογικού Μουσείου Κύθνου παρευρέθηκαν ο Περιφερειάρχης Νοτίου Αιγαίου Γιώργος Χαζημάρκος, ο Αντιπεριφερειάρχης Κυκλάδων Γιώργος Λεονταρίτης, ο Δήμαρχος Κύθνου Σταμάτης Γαρδέρης και ο προϊστάμενος της Εφορείας Αρχαιοτήτων Κυκλάδων Δημήτρης Αθανασούλης.
Η δημιουργία του μουσείου υλοποιήθηκε με χρηματοδότηση από το Περιφερειακό Πρόγραμμα ΕΣΠΑ 2014-2021 της Περιφέρειας Νοτίου Αιγαίου και προϋπολογισμό 1.600.000 ευρώ.
